既存の出力しているxmlをいじらずにスタイルだけ追加して新たなxmlを作成

import javax.xml.parsers.DocumentBuilder;
import javax.xml.parsers.DocumentBuilderFactory;
import javax.xml.transform.OutputKeys;
import javax.xml.transform.Transformer;
import javax.xml.transform.TransformerFactory;
import javax.xml.transform.dom.DOMSource;
import javax.xml.transform.stream.StreamResult;

import org.w3c.dom.Document;
import org.w3c.dom.Element;
import org.w3c.dom.Node;
import org.w3c.dom.NodeList;
import org.w3c.dom.ProcessingInstruction;

public class XMLCloneTest {
  public static void main(String[] args) throws Exception {
    DocumentBuilderFactory factory = DocumentBuilderFactory.newInstance();
    DocumentBuilder builder = factory.newDocumentBuilder();
    Document document = builder.newDocument();

    // 複製元の XML ドキュメントの作成
    Element root = document.createElement("root");
    document.appendChild(root);
    Element e1 = document.createElement("e1");
    root.appendChild(e1);
    e1.setAttribute("a1", "data1");
    e1.appendChild(document.createTextNode("hoge"));

    // 複製元の XML のrootノードを取得
//  Node hoge = document.getFirstChild();
    NodeList hogehoge = document.getElementsByTagName("root");
    Node hoge = hogehoge.item(0);

    // ひとまず内容を表示
    printXML(document, "document");

    // XML ドキュメントの複製
    Document documentClone = builder.newDocument();

    // スタイルシート追加
    ProcessingInstruction pi = documentClone.createProcessingInstruction("xml-stylesheet", "type=\"text/xsl\" href=\"style.xsl\"");
    documentClone.appendChild(pi);

    //Node n = root.cloneNode(true);
    Node clone = documentClone.importNode(hoge, true);
    documentClone.appendChild(clone);

    // e1 要素のデータを変更してみる
    NodeList list = documentClone.getElementsByTagName("e1");
    list.item(0).setTextContent("uga");

    // それぞれの XML ドキュメントの内容を表示 ( 複製した側で内容を変更しても、複製元の内容は変わっていないことが確認できます )
    printXML(document, "document");
    printXML(documentClone, "documentClone");
  }

  private static void printXML(Document d, String name) throws Exception {
    TransformerFactory transformerFactory = TransformerFactory.newInstance();
    Transformer transformer = transformerFactory.newTransformer();
    transformer.setOutputProperty(OutputKeys.INDENT, "yes");
    DOMSource source = new DOMSource(d);
    StreamResult result = new StreamResult(System.out);
    System.out.println("----- " + name +  " -----");
    transformer.transform(source, result);
    System.out.println("");
  }
}

import javax.xml.parsers.DocumentBuilder;

import javax.xml.parsers.DocumentBuilderFactory;

import javax.xml.transform.OutputKeys;

import javax.xml.transform.Transformer;

import javax.xml.transform.TransformerFactory;

import javax.xml.transform.dom.DOMSource;

import javax.xml.transform.stream.StreamResult;

import org.w3c.dom.Document;

import org.w3c.dom.Element;

import org.w3c.dom.Node;

import org.w3c.dom.NodeList;

import org.w3c.dom.ProcessingInstruction;

public class XMLCloneTest {

public static void main(String[] args) throws Exception {

DocumentBuilderFactory factory = DocumentBuilderFactory.newInstance();

DocumentBuilder builder = factory.newDocumentBuilder();

Document document = builder.newDocument();

// 複製元の XML ドキュメントの作成

Element root = document.createElement("root");

document.appendChild(root);

Element e1 = document.createElement("e1");

root.appendChild(e1);

e1.setAttribute("a1", "data1");

e1.appendChild(document.createTextNode("hoge"));

// 複製元の XML のrootノードを取得

// Node hoge = document.getFirstChild();

NodeList hogehoge = document.getElementsByTagName("root");

Node hoge = hogehoge.item(0);

// ひとまず内容を表示

printXML(document, "document");

// XML ドキュメントの複製

Document documentClone = builder.newDocument();

// スタイルシート追加

ProcessingInstruction pi = documentClone.createProcessingInstruction("xml-stylesheet", "type=\"text/xsl\" href=\"style.xsl\"");

documentClone.appendChild(pi);

//Node n = root.cloneNode(true);

Node clone = documentClone.importNode(hoge, true);

documentClone.appendChild(clone);

// e1 要素のデータを変更してみる

NodeList list = documentClone.getElementsByTagName("e1");

list.item(0).setTextContent("uga");

// それぞれの XML ドキュメントの内容を表示 ( 複製した側で内容を変更しても、複製元の内容は変わっていないことが確認できます )

printXML(document, "document");

printXML(documentClone, "documentClone");

}

private static void printXML(Document d, String name) throws Exception {

TransformerFactory transformerFactory = TransformerFactory.newInstance();

Transformer transformer = transformerFactory.newTransformer();

transformer.setOutputProperty(OutputKeys.INDENT, "yes");

DOMSource source = new DOMSource(d);

StreamResult result = new StreamResult(System.out);

System.out.println("----- " + name + " -----");

transformer.transform(source, result);

System.out.println("");

}